У организации открыто несколько расчетных счетов: как оформлять первичные документы?

Здравствуйте, участники! Подскажите по следующему вопросу! У нас недавно открылся расчетный счет, старый также остается работать. Какой из них указывать в первичных документах (товарные накладные) и в каких случаях. Дело в том, что у нас есть документы когда мы оплачивали с одного счета, а документы поставщик выписал, указав другой счет нашей организации . Или, покупатель оплатил на один расчетный счет, а мы выписали документы с указанием другого расчетного счета нашей организации. Могут ли налоговые органы не принять эти документы (на подтверждение вычета НДС, расходов и пр.) при проверке?
Заранее, спасибо за ответы!